C'est en 1770 que fut créé le cabinet d'histoire naturelle pour la faculté de médecine de l'université historique de Perpignan. Devenu muséum en 1840, il est logé depuis 1900 dans l'hôtel Çagarriga (XVIeme siècle) qui conserve de l'origine une fenêtre classée et, du XVIIIeme, la rampe (classée) de l'escalier principal.
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Plusieurs érudits et donateurs ont contribué à l'étude et au développement de ses collections : Louis Companyo, conservateur de 1840 à 1871 et son fils Paul, François Arago, Charles Depéret, Albert Donnezan, Joseph Passama, Eugène Boluix, Petri Pellet, A. Pradines et de nombreux autres.
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Le muséum présente 350 m² d'exposition permanente : animaux raréfiés ou disparus des Pyrénées-Orientales, oiseaux sédentaires et migrateurs, corvidés, rapaces nocturnes et diurnes), grands mammifères, faune pyrénéenne, invertébrés (arthropodes) et coralliaires, minéraux, crocodiles, objets ethnologiques océaniens et africains, ainsi qu'une momie égyptienne de la XXIIIème dynastie dans son sarcophage offerte en 1847 par Ibrahim Pacha après une cure thermale à Vernet-les-Bains.
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Les réserves (pièces d'ostéologie humaine, dont un crâne éburne, et comparée, cétacés, mollusques, oiseaux, insectes, herbier, fossiles, roches et minéraux) peuvent être consultées sur rendez-vous.
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Le Muséum met à la disposition du public une bibliothèque d'étude, un espace polyvalent destiné aux manifestations temporaires (conférences, expositions...) et à l'accueil des groupes scolaires et assimilés.
Le Muséum de Perpignan est à la fois lieu attractif dédié à la popularisation de la culture scientifique, outil éducatif et auxiliaire de la recherche scientifique. Il édite une revue annuelle, Les Annales du Muséum d'histoire naturelle de Perpignan.
Clichés Stéphane Miquel, service photographique, mairie de Perpignan